A Associação São João de Deus de Lisboa surge em meados dos anos sessenta, então como Lar de Enfermeiras da Maternidade Dr. Alfredo da Costa.

No ano de 1975, sentiu-se a necessidade de criar um equipamento para a Infância, e em 2 de janeiro de 1976, começa a funcionar a Creche e o Jardim de Infância da Associação São João de Deus, numa vivenda alugada e adaptada para o efeito na Av. António José de Almeida, nº10 em Lisboa.

A Associação foi registada no Centro Distrital de Segurança Social de Lisboa como IPSS, e publicado o seu registo definitivo no Diário da Republica nº 285 em 11/12/91, e a partir de então a Instituição passou a estar aberta à comunidade.

Em 2018 a Associação viu-se na necessidade de encontrar um espaço alternativo para continuar a funcionar num futuro próximo e neste contexto é reconhecida pela Câmara Municipal de Lisboa como Entidade de Interesse Social Local, permanecendo nas instalações alugadas até final do ano letivo 22/23.

Em setembro de 2023 inicia-se uma nova etapa, e a Associação passa a desenvolver apenas resposta social de creche num equipamento cedido pela Câmara Municipal de Lisboa  no âmbito do Programa de Expansão de Creches em Lisboa B.A.BÁ, a Creche Marquês de Olhão na freguesia do Beato.

Aquando da sua inauguração oficial a 8 de Novembro de 2024, o Senhor Presidente da Câmara, Eng. Carlos Moedas, decidiu homenagear a Dra. Manuela Ramalho Eanes pelo contributo de uma vida dedicada à defesa da infância.

Assim a Creche Marquês de Olhão passou a chamar-se

Creche Manuela Ramalho Eanes.